বিজয় দিবসের আগে জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয়ে পাকিস্তানের পতাকা আঁকার সময় শিক্ষার্থী ও সাংবাদিকদের ওপর হামলার অভিযোগ উঠেছে। শিক্ষার্থীরা জানিয়েছেন, আবাসিক হলের কিছু শিক্ষার্থী তাঁদের বাধা দেন এবং হামলা চালান। ঘটনাস্থলে কয়েকজন প্রক্টরও ছিলেন। হামলার শিকার হন কালের কণ্ঠের মাল্টিমিডিয়া প্রতিবেদক মিনহাজুল ইসলাম এবং দৈনিক জনকণ্ঠের সংবাদদাতা ওমর ফারুক জিলন।

বিশ্ববিদ্যালয়ের পদার্থবিজ্ঞান বিভাগের শিক্ষার্থী ফরহাদ ইবনে বাসিত বলেন, তারা বিজয় দিবস উপলক্ষে ক্যাম্পাসের প্রধান ফটকের ভেতরের রাস্তায় পাকিস্তানের পতাকা আঁকছিলেন, যাতে পতাকা মাড়িয়ে ঘৃণা প্রকাশ করা যায়। এ সময় সহকারী প্রক্টর এবং পরে অধ্যাপক তাজাম্মুল হক তাদের বাধা দেন।

হামলার সময় শিক্ষার্থীরা বলেন, “পাকিস্তানের সঙ্গে আমাদের সমঝোতা হয়ে গেছে, এখানে কোনো পতাকা আঁকা যাবে না।” এ ঘটনায় বিশ্ববিদ্যালয়ের সাংবাদিকরা বাধার সম্মুখীন হন এবং আঘাত পান।

ঘটনার প্রতিবাদে বিশ্ববিদ্যালয় শাখা ছাত্রদল রাতের বিক্ষোভ মিছিল করে। মিছিলে ‘শিক্ষার্থীদের ওপর হামলা কেন বিচার চাই’, ‘সাংবাদিকের ওপর হামলা কেন বিচার চাই’ এবং ‘দিল্লি নয় পিন্ডি নয় সবার আগে বাংলাদেশ’ স্লোগান দেওয়া হয়। বিক্ষোভে শিক্ষার্থীরা প্রশাসনিক ভবনের সামনে উপাচার্য ও প্রক্টরদের গাড়ি আটকে রাখেন এবং বিচার নিশ্চিত করার জন্য ২৪ ঘণ্টা সময় দেন।

পরবর্তীতে শিক্ষার্থীরা বিজয় দিবস উপলক্ষে কাঁঠালতলা থেকে বিশ্বজিৎ চত্বর পর্যন্ত বিজয় মিছিল সম্পন্ন করেন। বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রক্টর অধ্যাপক মুহাম্মদ তাজাম্মুল হক জানান, তারা দুই পক্ষকে সমঝোতায় আনার চেষ্টা করেছেন এবং সিসিটিভি ফুটেজ দেখে দোষীদের বিরুদ্ধে ব্যবস্থা নেওয়া হবে।